กองแผนงานเป็นหน่วยงานที่มีภาระหน้าที่รับผิดชอบงานด้านการวางแผน และการจัดทำงบประมาณของมหาวิทยาลัย ซึ่งถือเป็นงานที่มีความสำคัญต่อการพัฒนามหาวิทยาลัยให้เจริญก้าวหน้ายิ่งขึ้น
โดยเป็นหน่วยงานที่นำเสนอข้อมูลในรูปแบบต่างๆ ทั้งด้านข้อมูลพื้นฐาน และการวิเคราะห์ วิจัยทางสถิติ โดยจัดทำเป็นเอกสารและรายงาน เพื่อให้ผู้บริหารนำไปใช้ประกอบการตัดสินใจในด้านการวางแผนและ
พัฒนามหาวิทยาลัยต่อไป ซึ่งมีประวัติความเป็นมาดังนี้
พ.ศ. 2523 เป็นงานวางแผน สังกัดกองบริการการศึกษา
พ.ศ. 2527 กองแผนงานได้ดำเนินการบริหารจัดการในระดับกองเป็นการภายใน
พ.ศ. 2532 เพื่อให้เป็นไปตามประกาศทบวงมหาวิทยาลัย เรื่อง การแบ่งส่วนในสถาบันเทคโนโลยีการเกษตรแม่โจ้ (ฉบับที่ 5) พ.ศ. 2531 ให้แบ่งส่วนราชการของสำนักงานอธิการบดีออกเป็น กองกลาง
กองบริการการศึกษาและกองห้องสมุด โดยแบ่งส่วนราชการของกองต่าง ๆ โดย ให้เป็นงานแผนงาน ในหน่วยงานกองกลาง
พ.ศ. 2533 ได้รับอนุมัติให้จัดตั้งเป็นกองแผนงาน จากคณะกรรมการทบวงมหาวิทยาลัย ตามหนังสือที่ ทม 0202/2834 ลงวันที่ 15 ตุลาคม 2533 โดยได้ประกาศทบวงมหาวิทยาลัยเรื่องการแบ่งส่วนราชการ
ในสถาบันเทคโนโลยีการเกษตรแม่โจ้ (ฉบับที่ 6) พ.ศ. 2535 ตามที่ลงประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่ม 107 ตอนที่ 7 ลงวันที่ 31 มกราคม 2535 โดยให้มีการแบ่งส่วนราชการภายในกอง ออกเป็น 5 งาน คือ
1.งานธุรการ
2.งานวิจัยสถาบัน
3.งานวางผังแม่บท
4.งานวิเทศสัมพันธ์
5.งานวิเคราะห์แผนและงบประมาณ
พ.ศ. 2548 เมื่อวันที่ 20 มีนาคม 2548 สภามหาวิทยาลัยมีประกาศจัดตั้งและแบ่งหน่วยงานของมหาวิทยาลัยแม่โจ้ เป็นการภายใน โดยได้จัดตั้งกองวิเทศสัมพันธ์ ขึ้น ดังนั้นกองแผนงาน จึงมีส่วนราชการภายในกองแผนงาน ดังนี้
1.งานธุรการ
2.งานวิจัยสถาบัน
3.งานวางผังแม่บท
4.งานวิเคราะห์แผนและงบประมาณ
พ.ศ. 2550 เมื่อวันที่ 3 มิถุนายน 2550 มหาวิทยาลัยมีประกาศแบ่งหน่วยงานที่มีฐานะเทียบเท่างานตามมติสภา มหาวิทยาลัยในการประชุมครั้งที่ 4/2550 เมื่อวันที่ 3 มิถุนายน 2550 โดยให้แบ่งหน่วยงานในกองแผนงาน ดังนี้
1.งานบริหารและธุรการ
2.งานวิเคราะห์งบประมาณและอัตรากำลัง
3.งานยุทธศาสตร์และติดตามประเมินผล
4.งานวิจัยสถาบัน
พ.ศ. 2563 เมื่อวันที่ 5 มีนาคม 2563 มหาวิทยาลัยมีประกาศ เรื่อง การแบ่งหน่วยงานย่อยภายในของหน่วยงานตามมติคณะกรรมการบริหารมหาวิทยาลัย ในการประชุม ครั้งที่ 3/2563 เมื่อวันที่ 12 กุมภาพันธ์
2563 จึงประกาศแบ่งหน่วยงานย่อยภายในของหน่วยงาน กองแผนงาน ดังนี้
1. งานอำนวยการ
2. งานวิเคราะห์งบประมาณและอัตรากำลัง
3. งานยุทธศาสตร์และติดตามประเมินผล
4. งานวิจัยสถาบัน